Заповедник включает в себя 11 территорий в пределах Челябинской области, на которых расположены поселения и могильники синташтинской археологической культуры - «Страны Городов». На поселениях Кизильское, Куйсак, Сарым-Саклы (в Кизильском районе), Исиней (Варненский район), Журумбай, Устье, Каменный Амбар (Ольгино), Родники (все в Карталинском районе), Синташта (Брединский район), Степное (Пластовский район), Черноречье (Троицкий район) установлен режим заповедной территории. Эти памятники археологии являются достопримечательными местами Челябинской области и внесены в единый реестр памятников археологии Российской Федерации.